上海ATAC测序云序供

上海ATAC测序云序供

ATAC测序------染色质开放性测序技术

技术简介

ATAC测序的全称是Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing,运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的一种技术。该技术通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割，进而获得在该特定时空下基因组中活跃转录的调控序列。这项技术*需少量细胞便可获得实时全基因组活性调控序列信息，应用于转录因子结合分析、核小体定位、活性调控元件分布等研究，在表观遗传机制研究领域有广阔的应用前景。

云序生物对染色质开放区域进行研究的技术是利用ATAC测序技术，其原理为：利用DNA转座酶可以携带DNA去识别染色质开放区域。人为地将携带已知DNA序列标签的转座复合物（即带着测序标签的转座酶），加入到细胞核中，再利用已知序列的标签进行建库后测序，从而识别染色质的开放区域。

云序优势

实验快速：

实验流程精简，耗时短。

样品微量：

细胞量少，适用于临床样本。

结果准确：

重复性好，与同类技术及同类测序平台一致性高。

信息***：

获取信息量大（全基因组调控活性图谱、全转录因子结合图谱）。

一站式服务：

客户只需提供细胞、**、体液等样品，云序生物为您完成从样品准备、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。

专业化的生物信息学分析：

云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析要求。

样品类型及样品量

动物**（包括***）、植物**（包括藻类）、冻存的细胞样品（基本覆盖全部物种），其它类型样品请详询。

a) 细胞：>1×10⁶

b) 动物**：>50 mg

c) 植物**：>500 mg

其它类型样品用量请详询。

样本要求

1. 生物学重复

取样过程中，为了减少人为造成的样品间差异，可以采取如下措施：取样时间、部位、处理条件、性别、年龄、操作过程等方面尽可能保持一致，否则会影响实验结果的可重复性和可信度。

2. 样品的保存

用于二代测序、三代测序的**，取样后，在简单处理并标记后，-80℃冰箱保存，以避免实验操作前样品降解的可能性。 

数据分析

1、富集峰（peak）识别
利用流行的MACS软件进行峰识别，默认P < 10-5识别基因组上的ATAC富集峰。

2. 富集峰（peak）长度分布

根据ATAC-seq识别开放区域的DNA片段长度，对富集峰的Count数进行统计。

3. 富集峰（peak）区域的在基因组中的分布
 根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。

4. 样本间差异peak识别

云序生物使用diffReps包进行样本间差异peak的识别。默认筛选标准为FDR<=0.05，具体以报告为准。

5. 样品间差异peak相关基因的GO和KEGG富集分析

对差异peak相关基因进行功能分类，并发现明显富集的功能条目。

案例解析

案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析

期刊：The Plant Cell 影响因子：8.23 

原文：EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments

本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种，对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据，以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图，并寻找关键的转录因子-靶基因模块，预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。

图1. ATAC-seq与RNA-seq联合分析

案例2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析

原文：Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin  Accessibility

期刊：Cell  影响因子：31.398

该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺*细胞之间的差异，从而研究人小细胞肺*促进**扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq，发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中，预示着NFI家族转录因子在调控**细胞转移中扮演着重要角色。进一步进行ChIP-seq，通过2种测序结果联合分析，发现在染色质高开放性位点区域伴随着Nfib拷贝数量增多，且Nfib在侵袭性原发性**和转移性**内高表达，Nfib表现出维持染色质及远端调控区域开放和促进神经基因表达的功能，说明Nfib对促进*细胞增殖和迁移具有重要的作用。

图2. ATAC-seq与ChIP-seq联合分析